FongiBase – FAQ

1. Résumé

Le Colloque annuel AdoniF « Au cœur de vos données » s’est déroulé à la Faculté de Pharmacie de Lille. Il était organisé par Pierre-Arthur Moreau, Aurélie Sanchez et Béatrice Boury.

L’Association AdoniF a pour vocation entre-autre de rassembler les données mycologiques disponibles sur le territoire national via le portail FongiFrance. Cette vocation est née avec le projet de Régis Courtecuisse de créer une base de données nationale.

Ces données sont devenues maintenant une valeur essentielle, car les consignations d’informations et leurs transmissions peuvent être sources de multiples projets, dont certains vous été présentés au sein de ce colloque.

L’idée de ce colloque était d’informer, d’écouter, d’essayer de conforter un réseau de contributeurs, et de discuter des projets des associations impliquées autant que de ceux d’AdoniF.

2. Les données dans FongiFrance – Bilan 2023

Béatrice Boury & Pierre-Arthur Moreau

1. Le portail FongiFrance

Le portail FongiFrance est avant tout un ensemble d’outils :

• Fongi (https://fongi.fongifrance.fr) : Site destiné aux informations (nouveautés, vidéos, pages d’informations), accès aux différents projets, inscriptions et gestion des membres, etc.
• FongiBase (https://fongibase.fongifrance.fr) : Site destiné à la saisie et la consultation des données naturalistes. La saisie est aidée par divers outils tels que les couches cartographiques, la galerie photos etc. Les validateurs peuvent également valider les données afin de pouvoir les consulter en base. Les administrateurs disposent également via cette interface de nombreux outils liés à la gestion des données naturalistes, tels que la gestion des associations, les outils d’export vers le SINP, la gestion des couches cartographiques et aux outils en tests avant la mise en service.
• FongiDoc (https://fongidoc.fongifrance.fr) : Site destiné à la saisie des ouvrages et revues et de leurs références mais également à la saisie des données naturalistes issues de la Bibliographie.
• FongiRef (https://fongiref.fongifrance.fr) : Site destiné à la consultation et la mise à jour du référentiel Fonge. Ces mises à jour collaboratives sont destinées à être utilisées dans les autres portails mais également à être fournies à TaxRef. Ce site est également destiné à d’autres projets liés tels que les noms français ou d’autres référentiels.
• FongiStats (https://fongistats.fongifrance.fr) : Site dédié aux projets et analyses réalisées par AdoniF à partir des données regroupées et validées sur FongiBase. Il traite notamment des projets de Listes rouges nationale (conduite par AdoniF) et régionales (AURA, par la FMBDS, et Hauts-de-France, par la SMNF), ainsi que des projets de listes d'Espèces déterminantes ZNIEFF pour les régions Île-de-France (AdoniF), AURA (FMBDS) et Hauts-de-France (SMNF). Ces pages sont actuellement réservées aux "experts" le temps de leurs développements. Elles évolueront au gré des progrès des projets et des réalisations.
• Et un outil « Smart’Fonge » : Cet outil de saisie sur le terrain de données naturalistes est en cours de modification suite aux multiples modifications effectuées en base cette année. La version 3 sera disponible pour la saison automnale 2023.

1. Les données dans FongiBase

Figure  : Nombre de données intégrées à FongiBase depuis 2014 par année d’intégration.
Barres : données annuelles. Orange : courbe des valeurs cumulées.

L’évolution du nombre de données en base qui a progressé modestement durant le développement de la base s’est accélérée en 2018 avec la mise à disposition au public de l’outil de saisie.

L’accélération s’est ensuite fortement poursuivie avec les partenariats avec les grosses association ou fédération dont notamment :

• La SMNF (Société mycologique du Nord de la France) avec l’Atlas Mycologique des Hauts de France
• La FMBDS (Fédération Mycologique et Botanique Dauphiné-Savoie)
• L’AMO (Association Mycologique de l’Ouest)

Et plus récemment à l’approche du lancement du projet Liste rouge Nationale

• La FME (Fédération Mycologique de l’Est) en partenariat avec le Conservatoire Botanique Franche-Comté
• RNF (Réserves Nationales de France)
• Conservatoires (Données associées au premier chapitre de la Liste rouge issues des conservation Midi-Pyrénées et Corse)
• ONF (Office National des Forêts)
• SMA (Société Mycologique Auxerrois)
• Herbier de l’Université de Montpellier
• Et bien sûr les données issues du SINP
• Etc.

Figure  : Nombre de données intégrées à FongiBase par année d’observations.

Grâce au données bibliographiques (Bulletin trimestriel de la Société mycologique de France, Bulletin de la Société Mycologique du Nord de la France, Documents Mycologiques, Bulletin de la Société linnéenne Nord-Picardie, Floralire, etc.) que nous et nos partenaires avons commencés à dépouiller, nous pouvons disposer de nombreuses données anciennes. Ces données, bien qu’anecdotiques sont très intéressantes. Ces bulletins nous fournissent également les listes de sorties que les associations ont pris l’habitude de publier dans leur bulletin.

Avant 1980 les données sont éparpillées géographiquement. La manière de cataloguer les données change ensuite avec une première décennie d’archivage de listes de récoltes de manière plus systématique avec l’apparition des premières bases de données et le développement d’un archivage plus systématique par certaines associations mycologiques. La véritable « culture de l’inventaire » commence dans les années 1990, grâce à l’impulsion du premier projet national lancé par Régis Courtecuisse dès 1986 à travers le « Programme national d’inventaire et de cartographie des Mycota français ». La démocratisation des bases de données en ligne et le souhait de certains mycologues et des associations de pérenniser leurs données et accéder aux données d’autres mycologues ont également joués. Il est probable que nous pourrions doubler la quantité de données présentes dans FongiBase si nous pouvions récupérer l’intégralité des données présentes en France.

Nous ne pouvons qu’inciter les mycologues à fournir la meilleure précision géographique possible. Les informations au département sont trop imprécises pour être prises en compte dans les projets nationaux tels que la Liste rouge nationale.

Les domaines correspondent aux Forêts publiques nationales et aux ZNIEFF. En l’absence de lieu-dit (habité), de précision de domaine (lieu-dit non habité, toponyme reconnu par Géoportail) ou de numéro de parcelle pour les forêts, tout le domaine est pris en compte et pointé sur son centre géographique.

Figure  : Précision géographique des données intégrées à FongiBase

Les données les plus précises sont les données GPS, accompagnées de l’incertitude fournie par le matériel utilisé. Il existe des biais dans les données apparemment « précises » que nous obtenons : beaucoup de données fournies au GPS sont des données reconstituées, dont les coordonnées n’ont pas été prises sur le terrain mais parfois reprises de la commune ou de la forêt. Dans ce cas, la précision du rayon (surface potentielle de la présence de la donnée) permet de mettre en évidence l’imprécision de la localisation sans qu’elle soit faussée.

FongiBase traite les données GPS au format WGS84. Géoportail est une bonne aide à l’amélioration de la précision, dans le cas où les fonds de carte de FongiBase ne sont pas suffisants.

N

Origine des données

ous essayons, quand cela est possible, de connaitre le cadre dans lequel une récolte a été effectuée. Nous pouvons voir l’impact des associations et de leurs membres dans cette répartition dont la participation est fondamentale. La structure

Il a du contenu