Les bases de référencement d'herbiers, qu'ils soient institutionnels (PC, LIP, LY, etc.) ou personnels (Herb. pers. Untel), incluent des données en lien avec un ou plusieurs numéros de collection. Il n'est généralement pas possible de savoir dans quel contexte ces récoltes ont été effectuées; le recensement d'un herbier est donc considéré comme un "protocole" en soi.